Nel 1800 Niccolò è a Livorno impegnato in diversi concerti.
Nel 1801 Suona nella Cattedrale di Lucca in occasione della festa di Santa Croce.
Dal 1802 al 1804 a Livorno si esibisce in diversi concerti pubblici ed il commerciante Livron gli regala un violino, forse, il Guarneri del Gesù.
Dal 1805 al 1809 Paganini è al servizio della corte di Lucca della Principessa Elisa Baciocchi, sorella di Napoleone; impartisce lezioni di violino al consorte di Elisa, Felice Baciocchi, e suona, insieme al fratello Carlo anch'egli violinista, nell'orchestra di corte cimentandosi inoltre nella direzione d'orchestra.
In tale veste dirige "Il matrimonio segreto" di Cimarosa.
In pratica Niccolò sovrintende alle attività musicali della città.
Dal 1810 al 1812, svincolandosi dagli impegni di corte in quanto troppo gravosi, il violinista si dedica esclusivamente all'intensa attività concertistica che svolge soprattutto in Emilia e Romagna.
