Mengele, che aveva cambiato ancora nome in Helmut Gregor, arrivò a Genova da dove, il 18 luglio 1949, salpò verso l'Argentina.
Il 26 agosto sbarcava a Buenos Aires.
Dopo inizi stentati (un lavoro come carpentiere) Mengele entrò in contatto con i circoli di nazisti che avevano trovato protezione nell'allora Argentina del presidente Peron.
Contemporaneamente da Günzburg la famiglia iniziò a spedire regolarmente denaro.
Così Mengele acquistò una quota dell'industria farmaceutica Fadrofarm che produceva farmaci contro la tubercolosi.
Nel frattempo la moglie Irene aveva chiesto il divorzio.
Il patriarca della famiglia Karl propose a Josef Mengele di sposare la cognata Martha rimasta vedova del fratello minore.
Mengele nel 1956 tornò in Europa e sposò Martha in Svizzera.
Dopo le nozze, visto che nessuno gli stava dando la caccia, Mengele rientrò in Germania per rivedere il figlio Rolf e il resto della famiglia.
Ritornato in Argentina venne raggiunto dalla nuova moglie il 30 ottobre 1956.
Ormai Mengele si sentiva tanto al sicuro da chiedere ed ottenere dall'Ambasciata tedesca in Argentina un passaporto intestato con il suo vero nome.